El embalse de San Rafael de Navallana, situado inmediatamente aguas abajo de la presa de Guadalmellato, se proyectó en 1979 para complementar la regulación de este río y sustituir la función de la presa de Guadalmellato Derivación como cabecera del canal principal del Guadalmellato, con su zona regable y el abastecimiento de Córdoba capital en emergencia. Entró en servicio en 1989 y en los 36 años transcurridos desde su llenado se han potenciado los usos recreativos y ambientales, y se han incorporado otros usos como la regulación del río Guadalquivir mediante bombeo y el aprovechamiento hidroeléctrico, demostrando su importancia en la gestión de avenidas del río principal y abastecimiento en sequías. La gestión del nivel de embalse, bombeos, turbinado y desembalse por aliviaderos debe realizarse satisfaciendo las distintas demandas y manteniendo las garantías de servicio, con un coste razonable, y con seguridad para los usuarios y para el propio embalse.